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Mahotas es una biblioteca de procesamiento de imágenes y visión por computadora para Python. | ||
Descripción
Mahotas es una biblioteca de procesamiento de imágenes y visión por computadora para Python.
Entorno macOS
La descripción dada aquí se hace a partir de las experiencias de uso en un entorno con macOS 10.14 en una MBP, y los siguientes elementos de software.
$ /usr/bin/xcodebuild -version
Xcode 10.3
Build version 10G8
$ pkgutil --pkg-info=com.apple.pkg.CLTools_Executables
package-id: com.apple.pkg.CLTools_Executables
version: 10.3.0.0.1.1562985497
volume: /
location: /
install-time: 1563875946
groups: com.apple.FindSystemFiles.pkg-group
$ gcc --version
Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr --with-gxx-include-dir=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 10.0.1 (clang-1001.0.46.4)
Target: x86_64-apple-darwin18.7.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin
$ conda --version
conda 4.7.10
Instalación
La biblioteca Mahotas es instalada mediante pip de la siguiente manera:
$ pip install mahotas
Troubleshooting
Problemas en la instalación mediante pip en macOS 10.14.6
Al momento de instalar Mahotas empleando pip puede llegar a ocurrir el siguiente error (algunas líneas omitidas por brevedad):
$ pip install mahotas
Collecting mahotas
Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/c0/80/7e5919af7d1b93fc5e85fe5bd2ba68379cfb9add9f83cdff95b65ea7f46d/mahotas-1.4.7.tar.gz
...
gcc -Wno-unused-result -Wsign-compare -Wunreachable-code -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -I/Users/evasd/Applications/miniconda3/envs/ir-models/include -arch x86_64 -I/Users/evasd/Applications/miniconda3/envs/ir-models/include -arch x86_64 -DNPY_NO_DEPRECATED_API=NPY_1_7_API_VERSION -DPY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL=Mahotas_PyArray_API_Symbol -I/Users/evasd/Applications/miniconda3/envs/ir-models/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include -I/Users/evasd/Applications/miniconda3/envs/ir-models/include/python3.6m -c mahotas/_bbox.cpp -o build/temp.macosx-10.7-x86_64-3.6/mahotas/_bbox.o
warning: include path for stdlibc++ headers not found; pass '-stdlib=libc++' on the command line to use the libc++ standard library instead [-Wstdlibcxx-not-found]
mahotas/_bbox.cpp:5:10: fatal error: 'algorithm' file not found
#include
^~~~~~~~~~~
1 warning and 1 error generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
----------------------------------------
ERROR: Failed building wheel for mahotas
Running setup.py clean for mahotas
Failed to build mahotas
...
building 'mahotas._bbox' extension
creating build/temp.macosx-10.7-x86_64-3.6
creating build/temp.macosx-10.7-x86_64-3.6/mahotas
gcc -Wno-unused-result -Wsign-compare -Wunreachable-code -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -I/Users/evasd/Applications/miniconda3/envs/ir-models/include -arch x86_64 -I/Users/evasd/Applications/miniconda3/envs/ir-models/include -arch x86_64 -DNPY_NO_DEPRECATED_API=NPY_1_7_API_VERSION -DPY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL=Mahotas_PyArray_API_Symbol -I/Users/evasd/Applications/miniconda3/envs/ir-models/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include -I/Users/evasd/Applications/miniconda3/envs/ir-models/include/python3.6m -c mahotas/_bbox.cpp -o build/temp.macosx-10.7-x86_64-3.6/mahotas/_bbox.o
warning: include path for stdlibc++ headers not found; pass '-stdlib=libc++' on the command line to use the libc++ standard library instead [-Wstdlibcxx-not-found]
mahotas/_bbox.cpp:5:10: fatal error: 'algorithm' file not found
#include
^~~~~~~~~~~
1 warning and 1 error generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
...
La causa de este error es, aparentemente, un cambio en la organización (o presencia) de las bibliotecas de desarrollo C/C++ por parte de Apple. Esto se arregla mediante lo siguiente:
$ CFLAGS=-std=c++11 pip install --global-option=build_ext --global-option="-I$CONDA_PREFIX/include/c++/v1" mahotas
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© Todos los derechos reservados. Dr. Eduardo René Rodríguez Ávila |
Creación: 2019.08.21 Última actualización: 2019.09.16 |
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Dr. Edu 