$ FOLDER=<directorio>; zip -r $FOLDER.zip $FOLDER/* -x "*/.*" -x "__MACOSX"

Sin embargo, al volver a usar este comando hoy (cuando escribo esto), me topé con el siguiente warning:

zip warning: name not matched: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX15.1.sdk/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.6/Headers/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby/ruby

De lo que se desprenden tres cosas: el porqué del mensaje y el evitarlo, ¿qué tiene que ver Ruby en todo esto?, y ¿por qué tantos «ruby» en el mensaje? Las respuestas han sido:

• De lo primero, desafortunadamente, se debe a que los archivos a compactar incluyen espacios en blanco en el nombre. He leído de algunas «soluciones» o «workarounds» que no me han funcionado, optando por eliminar esos espacios en esos archivos problemáticos.
• De lo segundo, mi teoría por el momento es alguna biblioteca o elemento de la utilería zip(1) que echa mano de algo escrito en Ruby.
• Al respecto del tercer punto, se debe a un enlace al directorio ruby contenido en dentro de /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX15.1.sdk/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.6/Headers/. La utilería tree permite apreciar mejor lo que menciono:
  
  $ tree /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX15.1.sdk/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/Current/Headers/
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX15.1.sdk/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/Current/Headers/
├── ruby
│   ├── backward.h
│   ├── config.h
│   ├── debug.h
│   ├── defines.h
│   ├── digest.h
│   ├── encoding.h
│   ├── intern.h
│   ├── io.h
│   ├── missing.h
│   ├── onigmo.h
│   ├── oniguruma.h
│   ├── rb_mjit_min_header-2.6.10-arm64e.h
│   ├── rb_mjit_min_header-2.6.10-x86_64.h
│   ├── rb_mjit_min_header-2.6.10.h
│   ├── re.h
│   ├── regex.h
│   ├── ruby -> .
│   ├── ruby.h
│   ├── st.h
│   ├── subst.h
│   ├── thread.h
│   ├── thread_native.h
│   ├── util.h
│   ├── version.h
│   └── vm.h
└── ruby.h

3 directories, 25 files
$
  

Sobre el segundo punto, no tengo más datos que soporten mi teoría o expliquen la necesidad de usar Ruby. Por el momento queda como un misterio.