La búsqueda en la web por una respuesta al respecto del Python de /usr/bin y lo que debería haber en $HOME/Library/Python no arrojó buenos resultados. Lo que más encontré fueron consejos de otros usuarios señalando que reinstalar macOS era lo mejor para restaurar el Python incluido por Apple.
Como también indicaba en una entrada previa, se señala que Python es finalmente instalado con las Xcode Command Line Tools. Por lo que se procedió a su desinstalación para forzar su reinstalación. Realemente no se percibieron cambios y nada se restauró en $HOME/Library/Python. En mi quipo, /usr/bin/python3 tiene fecha del 21 de marzo y hora 00:13, como todo lo que está en ese directorio, lo que sugiere que todo es parte de una actualización del sistema operativo.
Verificando dónde pudieran quedar instalado todo aquello que se instala con /usr/bin/pip3:
$ /usr/bin/pip3 list -v
Package Version Location Installer
---------- ------- ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------
altgraph 0.17.2 /Library/Developer/CommandLineTools/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages pip
future 0.18.2 /Library/Developer/CommandLineTools/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages pip
macholib 1.15.2 /Library/Developer/CommandLineTools/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages pip
pip 21.2.4 /Library/Developer/CommandLineTools/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages pip
setuptools 58.0.4 /Library/Developer/CommandLineTools/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages pip
six 1.15.0 /Library/Developer/CommandLineTools/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages pip
wheel 0.37.0 /Library/Developer/CommandLineTools/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages pip
WARNING: You are using pip version 21.2.4; however, version 24.0 is available.
You should consider upgrading via the '/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/python3 -m pip install --upgrade pip' command.
resulta que apunta a lo que las Xcode Command Line Tools mantienen por lo que se considera que el residuo en $HOME/Library/Python puede ser eliminado, optando por eliminar no sólo la carpeta de la versión sino desde Python mismo. Al parecer es algo que se instaló con algún otro software (quizás una versión previa de conda o del Python de python.org) y no se eliminó en su momento.
Dr. Edu 