Ya me ha pasado dos veces, que después de organizar mis referencias en Mendeley, usando carpetas (folders) o grupos los números de elementos que se reportan en estos no concuerdasn con los que se ven. Especialmente ocurre cuando muevo mucho los documentos o borro algunos. Hasta el momento he encontrado dos formas de lidiar con el problema.

El primero consiste en vaciar el basurero de la aplicación (el último de los elementos mostrado en la barra lateral izquierda. El segundo en salirse de la sesión (del menú principal File -> Sign Out). Esto lo ha conseguido arreglar.